Cómo solucionar problemas de los dímeros de cebadores de PCR

Los dímeros de cebadores son un obstáculo frustrante para encontrar mientras se ejecutan reacciones en cadena de polimerasa o PCR. Se producen cuando los extremos de los cebadores son complementarios, lo cual induce a la vinculación. Los cebadores enlazados se muestran como bandas cortas en su longitud ​​utilizados en una gel de agarosa. Hay unos cuantos métodos simples que puedes utilizar para deshacerte en tu experiencia de dímeros de cebadores antes de recurrir a un rediseño completo de ellos.

Solución de problemas de tu protocolo

Utiliza una baja concentración de cebador. Prueba con una dilución de 1:10 de lo que se solicita para tu procedimiento.

Aumenta la temperatura de recocido para tu procedimiento. Mueve la temperatura hasta 5 grados celsius (41 ºF) por debajo de la temperatura de fusión del cebador más pequeño.

Añade sulfóxido de dimetilo (DMSO) hasta 5 por ciento del volumen de reacción. Esto mejorará la especificidad de la plantilla de ADN para los cebadores, lo que ayuda a disminuir la aparición de dímeros.

Utiliza un kit de PCR de inicio caliente para maximizar la especificidad, si los pasos sencillos anteriormente indicados no son eficaces. Sigue cuidadosamente las instrucciones que se incluyen con tu kit.

Ve a la última instancia. Rediseña tus cebadores para asegurar que los extremos no son complementarios.